На базе группы руководства полетами войсковой части 54876 1 декабря 1988 года был создан 1225 ЦРП аэродрома «Кубинка». Первым начальником ЦРП стал подполковник Черняков Алексей Матвеевич.

За время существования центром руководили Пащук Валерий Валентинович, Могутнов Виктор Васильевич, Волнухин Сергей Васильевич, Касавченко Сергей Владимирович, Белый Александр Николаевич.

1 сентября 2000 года 1225 ЦРП был преобразован в 401 Центр руководства полетами.

401 ЦРП является постоянно действующим органом управления полетами в районе аэродрома «Кубинка». Специалисты центра выполняют поставленные задачи в тесном взаимодействии с 237-м ЦПАТ.

Начальником 401 ЦРП является подполковник Ещенко Александр Александрович.